今天给各位分享单细胞小提琴图优势的知识，其中也会对单细胞的音乐进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！
本文目录一览：
- 1、张泽民教授课题组再发Cell,用到的单细胞技术了解一下?
- 2、小提琴图解读和绘制
- 3、单细胞ATAC亚群分析
- 4、单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图
- 5、单细胞小提琴图+箱型图
张***教授课题组再发Cell,用到的单细胞技术了解一下?
如今科技发展日新月异，在21世纪做出有价值的科研成果往往缺的不是技术，而是对热点的灵敏嗅觉以及对时局的掌控。张***，汤富酬，郭国骥老师均是凭借单细胞测序技术跻身世界一流领域的科学家，就是因为他们把控住了时局。
如果所研究的病理组织信息可以集中体现在一张切片上，那么一张空间 slides 上放置 Control 1+Case 3，或者 Control 2+Case 2 都是可以的。 前者处理组的切片数为 3，目的是为了更好的分析处理之后不同样本之间的异质性。
The function of the mammalian brain is dependent upon the coordinated activity of highly specialized cell types.（ 第一句话就很重要，强调了细胞空间位置的重要性，这也是为什么现在推出10X空间转录组的原因）。
小提琴图解读和绘制
1、【小提琴图】其实是【箱线图】与【核密度图】的结合，【箱线图】展示了分位数的位置，【小提琴图】则展示了任意位置的密度，通过【小提琴图】可以知道哪些位置的密度较高。
2、一把完整的小提琴，包括了三个部分：琴身、琴弦系统、琴弓。琴弓，包括了弓杆（弓身）、弓尖、弓毛（马尾）、弓根木（马尾库）及其他配饰。琴弦系统，包括了弦轴、挂弦板、琴马、琴弦。
3、小提琴图 （violin Plot）是用来展示多组数据的分布状态以及概率密度。这种图表结合了箱形图和密度图的特征，主要用来显示数据的分布形状。跟箱形图类似，但是在密度层面展示更好。
4、把位指音乐中提琴类（弓弦类）乐器，左手手指在指板上的位置。靠近琴头的把位为低把，靠近琴马的为高把。从一个把位换到另一个把位，称为换把。小提琴（意大利文：Il violino）是一种弦乐器。总共有四根弦。
单细胞ATAC亚群分析
1、与单细胞转录组类似，单细胞ATAC的分析流程也主要包括细胞质控、peaks标准化及其降维分群、marker基因的鉴定等几个步骤。常用的单细胞ATAC分析流程软件包含 cell-ranger-atac、Signac和ArchR等。
2、正如之前所提到的， getMarkerFeatures（） 能够接受任何存在Arrow文件里的矩阵作为输入，分析细胞类型的特异特征。例如 useMatrix = TileMatrix 用于鉴定细胞类群的特异基因区间， useMatrix = PeakMatrix 用于鉴定细胞类群的特异peak。
3、此外，作者利用细胞通讯分析发现与癌旁组织相比，肿瘤中非免疫细胞和免疫细胞的通讯显著扩张，表明非免疫细胞在塑造肿瘤免疫微环境中起着积极的作用。
单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图
1、单细胞基因可视化之热图改造修饰1 单细胞基因可视化之热图的根本改造2 单细胞基因可视化之UMAP图修饰 这里对于可视化进行一点补充。密度图 Nebulosa是一个基于核密度估计的R软件包，用于可视化单个细胞的数据。
2、降维可视化 降维可视化一般用Dimplot函数，如果使用的是UMAP方法，可以直接使用UMAPPlot函数，但是感觉效果不好或者很混乱，可以考虑使用PCAPlot函数。可以看到，聚类效果不错，PCA不同细胞群还是分开了。
3、如下图，先看cluster0的Marker基因：cluster0的差异基因是cluster0的细胞和剩下的所有的cluster合在一起的细胞做对比得到的。
4、流式图解析 单参数直方图 双参数散点图 等高线图和密度图 流式数据分析的过程实际上就是在流式图上选门和设门的过程。设门：是指用门选择某一或某些特性的细胞，是定性细胞亚群的重要方法。
5、如果巧了，这个geneList是某个细胞类型的marker基因，或者是某个功能的主要***，热图有助于细胞群功能和类型的鉴定。热图很好地将对象（X，一般是我们的细胞）与它的属性（Y，一般是我们的基因）联系起来。
6、FCM结果的显示通常有一维直方图、二维点图、等高线图、密度图等几种。由数据还可以做出标准曲线进行定量分析。
单细胞小提琴图+箱型图
1、做单细胞数据分析的时候，我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的 Seurat 包中就有一个函数叫 VlnPlot ，专门用来画小提琴图的。
2、小提琴图的内部是箱线图（有的图中位数会用白点表示，但归根结底都是箱线图的变化）；外部包裹的就是核密度图，某区域图形面积越大，某个值附近分布的概率越大。
3、箱线图（boxplot）又称为盒须图，是一种描述连续型变量分布的统计图，因形状如箱子而得名。箱线图提供了一种使用5个点对数据集做简单总结的方式。
4、利用盒图可以清晰显示两组不同条件下获得的组学数据中某个基因/代谢物等生物分子的差异表达情况。小提琴图：跟箱形图类似，但是在密度层面展示更好。在数据量非常大不方便一个一个展示的时候小提琴图特别适用。
关于单细胞小提琴图优势和单细胞的音乐的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。